Le programmes d’ajustement structurel survenus dans les années 90 a poussé l’Etat à se désengager secteurs productifs dont l’agriculture. Pour trouver des solutions permettant de

suppléer à l’absence de l’Etat du secteur agricole, des organisations de producteurs ont organisé, en 1992, une concertation à Dédougou, dans la Boucle du Mouhoun avec l’appui de la Fédération Internationale des Professionnels Agricoles (FIPA) et de la Chambre d'agriculture des Pays-Bas. Cet atelier a abouti au lancement de l’initiative de Dédougou qui sera accompagnée par le Projet d'Appui au Renforcement des Organisations de producteurs (PARO), de 1992 à 1996. Ce projet visait à renforcer les capacités des organisations à prendre en main les fonctions délaissées par l’Etat notamment le conseil, l’approvisionnement en intrants, la commercialisation, etc.

A l’issue de ce projet, il est créé le Conseil National des Professionnels Agricoles du Burkina Faso (CNPAB) fédérant des groupements de base actifs dans diverses productions agro-sylvo- pastorales. Le but du CNPAB est d’asseoir en milieu rural, les bases de la professionnalisation des producteurs à travers le développement de certains services à leur profit. Les domaines d’actions du CNPAB sont notamment la commercialisation groupée, la production de semences améliorées, l’approvisionnement des producteurs en intrants, l’appui-conseil qui s’est fait à travers la contractualisation avec l’INERA. L’organisation a bénéficié de l’appui de l’ONG Agriterra pour la mise en oeuvre de ses activités.

Après la promulgation de la loi 014/99/AN prônant l'organisation des groupements autour des filières agricoles, le CNPAB a entrepris une mutation qui s'est concrétisée en mars 2001 par sa transformation en Fédération Nationale des Professionnels Agricoles du Burkina (FEPAB). Son premier président fût Monsieur SAWADOGO Nebnoma.